مدیریت آب اصفهان از سال 1339 برعهده دو شرکت آبیاری به نامهای شرکت سهامی کوهرنگ اصفهان و شرکت سهامی آبیاری نائین بوده که به آنها بنگاه مستقل آبیاری نیز می گفته اند و زیر نظر وزارت کشاورزی وقت اداره می شده است. در دی ماه سال 1344 و به منظور ایجاد هماهنگی بین فعالیتهای شرکتهای مذکور و همچنین برای کنترل و بهره برداری از رودخانه زایندهرود سازمان آب منطقه ای اصفهان تاسیس و به تدریج شرکتهای فوق در آن ادغام گردیدند.
این سازمان، مدیریت منابع آب در حوضه آبریز زایندهرود را به عهده داشته و استانهای اصفهان و چهارمحال و بختیاری و همچنین شهرستان یزد تحت پوشش آن بوده اند. تا سال 1358 ، یزد یکی از فرمانداریهای استان اصفهان محسوب می شده ولی علی رغم اینکه در آن سال بصورت یک استان مستقل معرفی گردید ولی عملاً تا سال 1366 زیر مجموعه آب منطقه ای اصفهان بوده است . در ابتدای سال 1385 نیز شرکت آب منطقه ای چهارمحال و بختیاری تاسیس شد و حوزه عمل شرکت به استان اصفهان محدود گردید. این شـرکت دارای دفاتری در شهرستانهای اصفهان، کاشان، شهرضا، نجف آباد، فلاورجان، گلپایگان، خوانسار، اردستان، فریدن، مبارکه، شاهین شهر و میمه، تیران و کرون، فریدون شهر، آران و بیدگل، چادگان، زرین شهر، نطنز، دهاقان، خمینی شهر، نایین، خور و بیابانک، بویین و میاندشت، برخوار و سمیرم می باشد.
وزارت نیرو دارای چهار شرکت مادر تخصصی به نامهای شرکت مدیریت منابع آب ایران ، شرکت مهندسی آب و فاضـلاب کشور ، شرکت توانیر و شرکت ساتکاب می باشد. کلیه شرکتهای آب منطقه ای از جمله شرکت آب منطقه ای اصفهان زیر مجموعه شرکت مادر تخصصی مدیریت منابع آب می باشند . ضمناً شرکتهای آب و فاضلاب شهری و آب و فاضلاب روستایی زیر مجموعه شرکت مهندسی آب و فاضلاب کشور و شرکت برق منطقه ای ، نیروگاههای برق و شرکتهای توزیع برق استان و شهرستان زیر مجموعه شرکت توانیر می باشند.
اکثر مردم تفاوت فعالیتهای دو شرکت آب و فاضلاب و آب منطقه ای را نمی دانند و به طور مثال برای دریافت اشتراک آب شرب به آب منطقه ای مراجعه می نمایند . به طور کلی وظیفه شرکت آب و فاضلاب توزیع آب شرب به صورت لوله کشی به مشترکان و جمع آوری و دفع فاضلاب آن می باشد ولی شرکت آب منطقه ای وظیفه تامین آب و انتقال آن به وسیله سد و تونل ، تحویل آب شرب در تصفیه خانه به آب و فاضــلاب ، تـــوزیــع آب به صنایع بزرگ و کشاورزان و حفاظت از منابع آب سطحی و زیرزمینی را دارا می باشد.
شرکت بهره برداری میرآب زایندهرود و بهره برداری از شبکه های آبیاری و زهکشی گلپایگان از شرکتهای زیر مجموعه آب منطقه اصفهان می باشند که وظیفه حفاظت از آبهای سطحی و رودخانه زایندهرود را بر عهده دارند.
به موجب اساسنامه شرکت ، مصوب هیئت محترم وزیران در سال 1385 ، موضوع فعالیت و وظایف شرکت به شرح زیر می باشد :
شناخت ، مطالعه ، توسعه ، حفاظت ، بهره برداری بهینه از منابع آب ، تولید انرژی برق آبی ، ایجاد ، توسعه ، بهره برداری و نگهداری از تاسیسات و سازه های آبی و برق آبی که در قالب عناوین عمده ذیل جمع بندی می گردد:
تبدیل شدن به شرکتی متعالی و معتبر با در نظر گرفتن پوشش کامل نیازمندیهای آبی منطقه
تلاش در جهت حفظ و توسعه حیات اجتماعی ، اقتصادی و زیست محیطی در منطقه از طریق مدیریت منابع آبی بطور مطلوب و پایدار