همانگونه که در بخش علل ریشه ای مسئله زاینده رود بیان شد، یکی از مشکلات مدیریت آب در حوضه زاینده رود (و البته در بقیه نقاط کشور و در بسیاری از نقاط دنیا) حکمرانی ناکارآمد آب است.شفاف سازی داده ها و اطلاعات و مشارکت ذینفعان در تصمیم سازی ها، تصمیم گیری ها و اجرای پروژه های مدیریت منابع آب می تواند بخشی از این حکمرانی را اصلاح نماد.