در هر موضوعی تشخیص مسئله ی اصلی بسیار حائز اهمیت است، زیرا پیامدها و یا علت‌ها حول این مسئله تحلیل می شوند.
مسئله اصلی بحران زاینده رود “عدم تعادل بین منابع و تقاضای آب” می‌باشد. وضعیت بحرانی حوضه آبریز زاینده‌رود ناشی از سبقت تقاضای آب در حوزه‌های مختلف شرب، کشاورزی و صنعت نسبت به منابع در دسترس آن است. این عدم تعادل بین منابع و تقاضای آب، هم در زمینه آب سطحی و هم در زمینه آب زیرزمینی وجود دارد.
اگرچه در برخی مناطق بین آب زیرزمینی و سطحی اندرکنش وجود دارد و منابع و تقاضای این دو منبع روی یکدیگر اثرگذار هستند ولی برای ساده سازی می توان این را مجزا در نظر گرفت.
البته نیاز است تفاوت بین مصارف، تقاضا و تعهدات را بدانیم {لینک شود به یک مطلب با همین موضوع}.
بر اساس تابلو منابع و مصارف آب، تعهدات و تخصیص‌های آب سطحی در حوضه زاینده‌رود حدود 2400 میلیون متر مکعب می‌باشد و این در شرایطی است که متوسط آب سطحی تجدیدپذیر زاینده‌رود (جریان طبیعی و ورودی از تونل های انتقال آب) حداکثر 1400 میلیون متر مکعب تخمین زده می شود. این اعداد نشان‌دهنده کسری شدید آب سطحی در حوضه زاینده‌رود می‌باشد.
علاوه بر تعهدات ایجاد شده در تابلو منابع و مصارف، برداشت های غیرمجاز در بالادست در این حوضه نیز وجود دارد که داده دقیقی از آن در دسترس نیست و مطالعات مختلف اعداد متفاوتی بین 200 تا 400 میلیون متر مکعب در سال های مختلف را تخمین زده اند. این ابهام حکایت از این دارد که در گام اول باید برداشت های غیرمجاز به صورت دقیق و مکان‌مند شفاف شود تا این میزان اختلاف در گزارش‌ها برطرف شود و بتوان برای جلوگیری از آن اقدام نمود.
{عکس از عدم تعادل به صورت ترازو}
در حوزه آب‌های زیرزمینی نیز وضعیت منابع و مصارف بسیار بحرانی است. پروانه های بهره برداری صادر شده، چندبرابر منابع آب قابل برنامه ریزی و تجدید پذیر حوضه زاینده رود بوده اند. همچنین سالانه برداشت غیرمجاز از آب‌های زیرزمینی وجود دارد که یا از طریق چاه های غیرمجاز برداشت می شود و یا از طریق برداشت مازاد بر پروانه از چاه های مجاز رخ می دهد.
شمای کلی عدم تعادل بین منابع و مصارف اب حوضه زاینده رود:
عدم تعادل بین منابع و تقاضای آب در حوضه زاینده رود از یک طرف منجر به ایجاد پیامدهای حوضه زاینده رود شده است و از طرف دیگر علل بحران زاینده رود منجر به به وجود آمدن این مسئله شده اند.